

Der Fachbereich Zoologie ist verantwortlich für etwa 9000 Tiere aus über 1000 Arten in der Wilhelma. So gibt es mehr als 110 verschiedene Säugetierarten, 200 Vogelarten, 450 verschiedene Arten von Fischen, 204 wirbellose Tierarten sowie 80 Reptilienarten und 37 Amphibienarten. Die Tiere sind aufgeteilt auf 18 Reviere, inklusive der Kranken- und Quarantänestation.
Die Wilhelma beteiligt sich an Zuchtprogrammen der EAZA, des europäischen Zooverbandes. Derzeit werden 51 Tierarten der Wilhelma im Rahmen eines so genannten Europäischen Erhaltungszuchtprogramms (EEP) betreut.
Die Wilhelma nimmt außerdem regelmäßig an so genannten EAZA-Kampagnen teil. Das sind Natur- und Artenschutzprojekte der EAZA, die sich jährlich einer anderen bedrohten Tiergruppe widmen. Für die erste EAZA-Kampagne im Jahr 2000 wurde von der Wilhelma die Ausstellung „Gorillas im Kochtopf“ organisiert und konzipiert (Bushmeat Kampagne).
Das wissenschaftliche Personal des Fachbereiches, der Tierarzt und die Kuratoren, sind Mitglieder diverser Fahcgremien von EAZA, beteiligen sich an internationalen Studien und tauschen Daten über bedrohte Tierarten aus.
Zum Fachbereich gehören ein Tierarzt, vier Diplombiologen, ein Zooinspektor, 90 Tierpfleger und 12 Auszubildende.